Nothing serious

PCR lagi

Sudah hampir jam 8 malam di sini, satu mesin PCR dengan sampel-sampel anoa masih sibuk menaikturunkan suhunya, melipatgandakan sejumlah rantai DNA. Mesin itu akan berhenti sekitar pukul 9 malam nanti…

Kalau primer (rantai pendek DNA) yang digunakan tepat, dan bisa mengikat dan melipatgandakan rantai DNA yang saya cari.. maka selesailah pencarian saya selama ini..

Untuk mengidentifikasi tiap individu anoa, digunakan rantai microsatellite DNA, yaitu rantai DNA netral yang tidak terpengaruh seleksi alam tetapi tinggi tingkat mutasinya. Akibatnya, tiap individu anoa memiliki DNA microsatellite yang berbeda-beda panjangnya. Rantai DNA microsatellite dapat dikenali dengan dua basis DNA yang berulang cukup panjang, misalnya GAGAGAGAGAGAGAGA atau CTCTCTCTCTCTCTCT. Untuk ‘menangkap’ rantai DNA microsatellite dan memperbanyaknya melalui PCR, diperlukan pasangan primer yang tepat, yang terikat dengan baik di kedua ujung rantai microsatellite.

Nah, dua bulan terakhir, saya ‘asik’ mendisain rantai primer tersebut. Untuk menyelsesaikan pekerjaan anoa ini, saya butuh 20 pasang primer yang tepat dan dapat mengikat rantai microsatellite tertentu. Selama ini, baru 4 dari 20 pasang yang saya butuhkan, berhasil dengan baik mengikat rantai microsatellite.

Sepanjang siang dan sore tadi, ada 13 pasang primer yang sudah diPCR-kan, dan malam ini, ada 6 pasang lagi yang masih berusaha melipatgandakan rantai DNA di mesin PCR sampai jam 9 malam nanti.

Hasilnya?

Hasil PCR bisa kita lihat pada media agar-agar. Running gel istilahnya di sini. Butuh beberapa jam untuk running gel semua hasil PCR saya hari ini. Tetapi saya memutuskan untuk menundanya sampai hari Rabu, karena besok saya mau jalan-jalan ke kota lain, menyelesaikan Chapter 4 yang sudah berbulan-bulan tak tentu bentuknya itu…

Jadi, doakan saja, semoga hari Rabu nanti.. saya dapat hasil seperti gambar di bawah ini. Dan saya bisa merayakannya dengan meloncat-loncat dan menari-nari di sepanjang koridor lab.. ๐Ÿ˜€

(microsatellite DNA-nya yang berupa garis-garis putih di bagian bawah gambar. Sebagai catatan: result like this, can definitely make your day!).

Nothing serious, Science

Lagu PCR

Ini ada lagu khusus untuk PCR, Polymerase Chain Reaction, sebuah teknik untuk memperbanyak DNA sehingga bisa dianalisa dan dibaca.

Jumlah DNA yang didapat dari sampel biasanya sangat sedikit, karena volume tiap sampel yang dikoleksi biasanya juga sangat sedikit, sehingga DNA yang didapat dari sampel harus diperbanyak sampai jumlah yang bisa dibaca.

Dengar saja lagu tentang PCR (dari iklan mesin PCR) ini, pasti anda jadi lebih tahu PCR itu apa ๐Ÿ˜‰



Silakan cek juga liriknya, kalau mau lebih jelas lagi ๐Ÿ˜›

The PCR Song by Scientists for Better PCR

There was a time when to amplify DNA,
You had to grow tons and tons of tiny cells.
(Oooh) Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
Said you can amplify in vitro just as well.

Just mix your template with a buffer and some primers,
Nucleotides and polymerases too.
Denaturing, annealing, and extending,
Well itโ€™s amazing what heating and cooling and heating will do.

[Chorus]
PCR when you need to detect mutation (detect mutation)
PCR when you need to recombine (recombine)
PCR when you need to find out who the daddy is (whoโ€™s your daddy?)
PCR when you need to solve a crime (solve a crime)
[x2]

[Advertisement]
(PCR) To all the scientists out there doing PCR, Bio-Rad salutes you with the all-new 1000 series thermal cycling platform.

***

Iseng posting tentang PCR? Ya enggak isenglah, lha wong hari-hari saya di sini selalu full of PCR. That is what I am now. Karena PCR-lah saya jadi lab geek buat sementara ha ha ๐Ÿ˜€