Nothing serious

Warna-warninya wellies

Wellies alias Wellington boots alias sepatu bot karet, sudah menjadi teman setia bekerja di lapangan bagi kedua kaki ini sejak 7 tahun lalu. Wellies memang handal dan terbukti lebih pas untuk bekerja di hutan hujan tropis yang hampir selalu basah itu.  Tapi sayang, ukuran wellies yang dijual di Indonesia semua terlalu besar untuk ukuran kaki saya yang kecil mungil ini. Untungnya, saya punya kesempatan untuk bolak-balik ke Inggris dan cari wellies di sini. Di Inggris, wellies lebih umum dipakai oleh laki-laki, perempuan dan anak-anak, sehingga lebih mudah didapat dalam segala ukuran. Tapi tentu saja wellies juga hanya dipakai saat di kebun atau ke lapangan di sini, tidak untuk dipakai sehari-hari.

Karena tidak terpikir untuk survei ke lapangan atau kerja kebun di Inggris ini, maka wellies pun saya tinggalkan di Jakarta. Saya juga tidak berencana untuk membeli yang baru sekarang. Tapi, siapa yang tahu, tiba-tiba seorang teman mengajak saya untuk survei amphibia pada akhir minggu, dan prasyarat utama untuk survei ini tentu saja: wellies! Yup, karena survei kodok dan katak pasti berbasah-basah ria di kolam-kolam, dan tak ada sepatu lain yang lebih cocok daripada wellies.

So, rencana hari Sabtu ini, saya mau cari sepasang wellies baru. Ada bermacam model dan warna di sini.. Mana yang sebaiknya saya pilih ya…. 😀


Nothing serious

PCR lagi

Sudah hampir jam 8 malam di sini, satu mesin PCR dengan sampel-sampel anoa masih sibuk menaikturunkan suhunya, melipatgandakan sejumlah rantai DNA. Mesin itu akan berhenti sekitar pukul 9 malam nanti…

Kalau primer (rantai pendek DNA) yang digunakan tepat, dan bisa mengikat dan melipatgandakan rantai DNA yang saya cari.. maka selesailah pencarian saya selama ini..

Untuk mengidentifikasi tiap individu anoa, digunakan rantai microsatellite DNA, yaitu rantai DNA netral yang tidak terpengaruh seleksi alam tetapi tinggi tingkat mutasinya. Akibatnya, tiap individu anoa memiliki DNA microsatellite yang berbeda-beda panjangnya. Rantai DNA microsatellite dapat dikenali dengan dua basis DNA yang berulang cukup panjang, misalnya GAGAGAGAGAGAGAGA atau CTCTCTCTCTCTCTCT. Untuk ‘menangkap’ rantai DNA microsatellite dan memperbanyaknya melalui PCR, diperlukan pasangan primer yang tepat, yang terikat dengan baik di kedua ujung rantai microsatellite.

Nah, dua bulan terakhir, saya ‘asik’ mendisain rantai primer tersebut. Untuk menyelsesaikan pekerjaan anoa ini, saya butuh 20 pasang primer yang tepat dan dapat mengikat rantai microsatellite tertentu. Selama ini, baru 4 dari 20 pasang yang saya butuhkan, berhasil dengan baik mengikat rantai microsatellite.

Sepanjang siang dan sore tadi, ada 13 pasang primer yang sudah diPCR-kan, dan malam ini, ada 6 pasang lagi yang masih berusaha melipatgandakan rantai DNA di mesin PCR sampai jam 9 malam nanti.

Hasilnya?

Hasil PCR bisa kita lihat pada media agar-agar. Running gel istilahnya di sini. Butuh beberapa jam untuk running gel semua hasil PCR saya hari ini. Tetapi saya memutuskan untuk menundanya sampai hari Rabu, karena besok saya mau jalan-jalan ke kota lain, menyelesaikan Chapter 4 yang sudah berbulan-bulan tak tentu bentuknya itu…

Jadi, doakan saja, semoga hari Rabu nanti.. saya dapat hasil seperti gambar di bawah ini. Dan saya bisa merayakannya dengan meloncat-loncat dan menari-nari di sepanjang koridor lab.. 😀

(microsatellite DNA-nya yang berupa garis-garis putih di bagian bawah gambar. Sebagai catatan: result like this, can definitely make your day!).

Nothing serious, Science, Work work work

Riset itu seperti….

lab-work.jpg

 

*Mendisain sebuah eksperimen penelitian itu seperti… melukis.

Sebuah pekerjaan seni.

*Mengerjakan eksperimen itu seperti… memasak.

Pekerjaan profesional yang bertujuan dan fokus.

*Menulis hasil eksperimen itu seperti…

menulis surat permohonan maaf yang penuh alasan…

 

Sumber: pinjam dari majalah lama di lab (Lab Times 4, 27 Nov 2006)

Nothing serious, Science

Lagu PCR

Ini ada lagu khusus untuk PCR, Polymerase Chain Reaction, sebuah teknik untuk memperbanyak DNA sehingga bisa dianalisa dan dibaca.

Jumlah DNA yang didapat dari sampel biasanya sangat sedikit, karena volume tiap sampel yang dikoleksi biasanya juga sangat sedikit, sehingga DNA yang didapat dari sampel harus diperbanyak sampai jumlah yang bisa dibaca.

Dengar saja lagu tentang PCR (dari iklan mesin PCR) ini, pasti anda jadi lebih tahu PCR itu apa 😉



Silakan cek juga liriknya, kalau mau lebih jelas lagi 😛

The PCR Song by Scientists for Better PCR

There was a time when to amplify DNA,
You had to grow tons and tons of tiny cells.
(Oooh) Then along came a guy named Dr. Kary Mullis,
Said you can amplify in vitro just as well.

Just mix your template with a buffer and some primers,
Nucleotides and polymerases too.
Denaturing, annealing, and extending,
Well it’s amazing what heating and cooling and heating will do.

[Chorus]
PCR when you need to detect mutation (detect mutation)
PCR when you need to recombine (recombine)
PCR when you need to find out who the daddy is (who’s your daddy?)
PCR when you need to solve a crime (solve a crime)
[x2]

[Advertisement]
(PCR) To all the scientists out there doing PCR, Bio-Rad salutes you with the all-new 1000 series thermal cycling platform.

***

Iseng posting tentang PCR? Ya enggak isenglah, lha wong hari-hari saya di sini selalu full of PCR. That is what I am now. Karena PCR-lah saya jadi lab geek buat sementara ha ha 😀